يعد فرع الحفظ من أوسع الفروع في وحدة التعليم القرآني في مركز القران الكريم حيث يهتم بتحفيظ الطلبة كتاب الله العزيز وفق برامج وآليات معينة وبإشراف أساتذة متخصصين سبق ومثلّوا العراق في المسابقات والمحافل الدولية، لكي يدخل الطالب (لا يقل عمره عن 7 سنين) في دورات الحفظ عليه أولاً تخطي دورة الأحكام والقراءة الصحيحة للقران الكريم بعدها يُجرى اختبار للطالب لمدة أسبوع أو أسبوعين لمعرفة مدى قدرته على الحفظ كما يتعهد ولي أمر الطالب خطّياً بالالتزام بالضوابط المحددة من قبل الإدارة.

يقوم الطالب باستماع وقراءة وتدبر معنى الآيات القرآنية التي يطلبها الأستاذ منه وتحضير الواجب ومن ثم إلقائها على أستاذ الحفظ ويتم اختبار كل طالب عند نهاية الجزء من قبل الأساتذة لتعيين مستوى الحافظ النهائي في الجزء اما بالنسبة للمراجعة فيقوم الأستاذ أو زميل المباحثة بالاستماع للقدر الواجب المعطى للطالب.